桑耶寺的建筑规模宏大，布局奇特，初入寺中，也许会被鳞次栉比、殿塔林立的奇特布局所迷惑，但如果你了解了各个建筑所蕴含的意义和在整个寺庙布局中所起的作用之后，一定会为这座辉煌的建筑群所倾倒、折服。
桑耶寺的建筑，据说是仿造古印度婆罗王朝在摩羯陀所建的欧丹达菩黎寺为蓝本所建的，全寺的建筑完全按照佛经中的大千世界布局：中央为世界中心须弥山，由一座藏、汉、天竺三种风格的三层“乌尤大殿”代表，大殿南北又建太阳、月亮两殿，象征宇宙中的日、月双轮，乌尤大殿四个角上分别建有红、白、绿、黑四座佛塔，代表四大天王，大殿四周还均匀分布著4大殿和8小殿，表示四方咸海中的四大部洲和八小洲。寺庙建筑群的外围是一道圆形围墙所环绕，象征著世界外围的铁围山。整个寺庙的建筑布局又和密宗的曼陀罗（坛城）有几分相似。
欣赏整个寺庙精妙布局的最好的地方在乌尤大殿的顶层。在顶层居高四望，东南西北四个方向分别是江北林、阿雅巴洛林、强巴林、桑杰林四大部洲，周围可见八小洲、日月殿和白黑绿红四塔星罗拱卫，精湛的构思，巧妙的布局，将会让你叹为观止。唯一美中不足的是，在大殿正门右前方新修了一座旅馆，大小与四大部洲殿相仿，在整个建筑布局中和整体风格不太协调，显得很突兀。不过这倒是方便了你我这样的旅行者。另外，在这个代表大千世界的小宇宙般的建筑群中，能有一座“属于”旅行者的建筑在我看来倒颇有点像征意义，它大概象征著旅行者和修行者最终的殊途同归吧。
乌尤大殿是桑耶寺的主殿，位于全寺的中心地带。大概坐西向东，高位三层，厎为藏式风格，中层为汉式，顶层为印度样式，桑耶寺另一名称“三样寺”即是由此而来。
